Command line utility to process Alternating Grandient Force data... especially hysteresis loops.
 
     Copyright (C) 2005  Kurt Schwehr
 
    This program is free software; you can redistribute it and/or modify
    it under the terms of the GNU General Public License as published by
    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
    (at your option) any later version.
 
    This program is distributed in the hope that it will be useful,
    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
    GNU General Public License for more details.
 
    You should have received a copy of the GNU General Public License
    along with this program; if not, write to the Free Software
    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA

Modules
		math os pmag_sqlhelp sys units

Classes
		agfm   class agfm     MicroMag 2900 running NewMag Windows 1995     Methods defined here: __init__(self, filename, doHystCrunch=True, doLocalHystCrunch=False, verbosity=0)         Parse the header and the data.           filename - read the data from here!         doHystCrunch - do we crunch the data to produce Mr, Ms, etc?         doLocalHystCrunch - use the code in this module to calculate the hysteresis values           One big line of fields followined by field and value pairs           e.g.   "Model 2900 ASCII Data File",7,-1,+2.500000E-01,+4.506305E+02,2,+0.000000E+00,+1.000000E+02,+1.000000E+04,+4.000000E+03,+0.000000E+00,0,82,164,+5.000000E-04,16,+4.833203E+01,+4.507500E+02,-8.161081E+01,+2.549891E-01,+4.703352E+01,3,"bp04-4gw-s1-063",+0.000000E+00,+0.000000E+00,+0.000000E+00,-1.000000E+03,"10/11/2005  11:02",0,0,0,0   +4.000500E+03,+2.925250E-04 +3.978000E+03,+2.916750E-04 +3.884500E+03,+2.867250E-04 +3.784500E+03,+2.811250E-04 ... +3.906500E+03,+2.879250E-04 +4.000500E+03,+2.933750E-04 "Model 2900 Data File ends" getSqlInsert(self, table='hyst') Return a SQL Insert object suitable for inserting this sample header info into a database   Note that this leaves out the data block getSqlInsertStr(self, table='hyst') Get the insert string isStandard(self) Return true if the comment field looks like this is a standard calibration sample   Know standards are ni-[24] and ??? plot(self, filename=None) use matplotlib to make a simple graph of the data in the plot

Functions
		findHystParams(data, verbosity=0) Calculate hysteresis parameters from a flattened loop   data in in Oe, while output is SI.  FIX: Is it really Oe going in?   Pass in data = [(4000.5,5.939e-05), (3978.0,5.986e-05), ...]   returns Mr, Ms, Bc, hopefully Bcr in a dict     Looking at agfmcrunch, Ms is the y intercept of the unflattened data. Is that equiv to the flattened max? see agfmcrunch.f:linreg       call linreg(nreg,x,y,slope,Ms)     subroutine linreg(n,x,y,s,b)     Mr is the y intercept   Ms is the saturation value   Bc is the x axis.     you get bcr by:   subract ascending/descending loops   b at which delta m is .5 of initial value is bcr flattenHysteresis(sampleData, distanceCounts=None, distancePercent=None, verbosity=0) Detrend a hysteresis loop to remove the slope at high fields.   FIX: write a better description of what this really means   sampleData - agfm data (sample.data) in [ (x,y),(x,y) ... ] distanceCounts - how many samples you want to use on each tail distancePercent - [0..1] percent distance from the end that you want for correction   Mr is the y intercept Ms is the saturation value Bc is the x axis.   you get bcr by: subract ascending/descending loops b at which delta m is .5 of initial value is bcr getSlope(data) Find the slope for a series of data points   [(x1,y1),(x2,y2),(x3,y3),...(xn,yn)]   Uses a leastSquaresFit from scientific python to y = mx + b hystcrunch(filename, adjustslope=False, verbosity=0) Use pmag >= 1.9 fortran hystcrunch to calculate hysteresis parameters. Requires hystcrunch in the path   sid,s,Ms,Mr*Ms,Bc,Bcr,Bcrn*1e-3   Mr*Ms is really Mr? lineFrom2Pts(pt1, pt2) Return slope (m) and y intercept (b) for the line that fits two points linear(parameters, values) printTodo() Things that need to be done to this code:   FIX: Better labeling of graphs FIX: Ability to close the hysteresis loops and center them vertically FIX: Plot out the 1st and 2nd derivatives FIX: Write out a nice report about the sample rows2cols(list) convert a big list of rows to list of columns.   [ [1,2], [3,4], [5,6] ] to  [ [1,3,5], [2,4,6] ] sqlCreate(tableName='agfm') Return an SQL CREATE string to build a table for agfm data   I currently have no idea what man of these fields mean   returns - sqlcreate object from the pmag_sqlhelp module sqlCreateStr(tableName='agfm') Avoids returning a sqlcreate object... returns a create string

Data
		ALWAYS = 0 BOMBASTIC = 4 TERSE = 1 TRACE = 2 VERBOSE = 3 VERSION = '0.11' __author__ = 'Kurt Schwehr' __date__ = '2005/11/12' __version__ = '1.30'

Author
		Kurt Schwehr